aisconvert - тулкит для персонального анализа генома
Поддерживается анализ гомозиготности, нахождение участков идентичности (HIRs, другие используемые термины: УПСы, Half-IBD, aka Identity by descent) между двумя геномами, что позволяет находить общих родственников в ближайшем прошлом. Поддерживаемый пока формат - RAW формат, возвращаемый 23андме. Другие форматы нужно пока перегонять стандартными юникс-тулзами или другими программами (в будущей версии ожидается поддержка других RAW форматов).
Внутри также имеется набор нескольких инструментов для персональной геномики, например конвертер из RAW формата в PED, мерджер двух геномов с разными снипами.
Программа в данное время используется как библиотека на бэкенде свободной базы данных HIR-регионов (http://hirs.snpology.com/), которая позволяет делать поиск родства, используя данные тестирования от разных компаний и претендующая быть аналогом свободных баз ysearch, mitosearch, но - для аутосомных маркеров.
Напомним, что поиск родства по исследованию генома представляют такие коммерческие компании, как 23andme, FTDNA.
Внутри также имеется набор нескольких инструментов для персональной геномики, например конвертер из RAW формата в PED, мерджер двух геномов с разными снипами.
Программа в данное время используется как библиотека на бэкенде свободной базы данных HIR-регионов (http://hirs.snpology.com/), которая позволяет делать поиск родства, используя данные тестирования от разных компаний и претендующая быть аналогом свободных баз ysearch, mitosearch, но - для аутосомных маркеров.
Напомним, что поиск родства по исследованию генома представляют такие коммерческие компании, как 23andme, FTDNA.
Ещё новости по теме:
18:20