Для возврата переплаты надо выяснять все обстоятельства - Налоговое право
В своем нежелании возвращать налоги налоговики иногда заходят слишком далеко. Налогоплательщику при обращении в инспекцию было отказано в возврате переплаты со ссылкой на необходимость проведения контрольных мероприятий.
Налогоплательщик повторно обратился за возвратом, но ему было отказано по причине пропуска 3-х летнего срока на возврат.
ВАС решил, что в пропуске налогоплательщиком срока на возврат виноваты сами налоговики, т.к. НК не предусматривает возможность отказа в возврате излишне уплаченного налога в связи с необходимостью проведения контрольных мероприятий. Кроме того, суд отметил, что при решении вопроса об исчислении срока на возврат необходимо выяснить причину возникновения переплаты, изменения действующего законодательства в течение рассматриваемого налогового периода и пр. ледовательно, срок для обращения за переплатой следует исчислять с момента первого обращения.
Постановление ФАС Уральского округа от 17 июня 2009 г. N Ф09-3949/09-С3