С выдачей займа разделяется учет облагаемых и необлагаемых НДС операций - Налоговое право

При определении пропорции учитываются проценты, а не сам займ.

При предоставлении займов в денежной форме налогоплательщики НДС с целью исполнения обязанности ведения раздельного учета сумм НДС по приобретенным товарам, работам и услугам, предусмотренной п. 4 ст. 170 НК РФ, при определении указанной пропорции должны учитывать сумму денежных средств в виде процентов, предусмотренных при предоставлении займа, а сумму самого займа не учитывать.

Такую свою позицию Минфин РФ объясняет в Письме от 2 апреля 2009 г. N 03-07-07/27 тем, что стоимостью услуги по предоставлению займа является размер процентов, взимаемых заимодавцем с заемщика.